Un’altra fra le figure più significative per la storia del Seminario fu, senz’altro, l’Arcivescovo Mons. Mario Toccabelli che, nel 1953, ottenne dal Papa Pio XII il definitivo riconoscimento della centralità del Seminario di Siena per le chiese della Toscana meridionale.

La Santa Sede, il 12 agosto 1953, elevò l’ormai secolare istituzione del Seminario Arcivescovile Senese a Pontificio Seminario Regionale per la Toscana inferiore, divenendo ufficialmente il Seminario maggiore per le diocesi di Siena, Chiusi e Pienza, Colle di Val d’Elsa, Grosseto, Montalcino, Montepulciano, Massa Marittima-Populonia, Sovana-Pitigliano e Volterra.

Così il Card. Pizzardo, Prefetto della S. Congregazione dei Seminari, scriveva in data relativa all’erezione a tutti i Vescovi della Toscana inferiore: «L’Augusto Pontefice, sempre sollecito del bene spirituale delle anime, con tratto di sovrana paterna munificenza ha deciso di venire incontro alle difficoltà di coteste Diocesi col conforto e coll’aiuto che Gli è possibile, stabilendo che, a norma del Can. 1354-3 del C.J.C. questo Sacro Dicastero costituisca, alle sue dirette dipendenze, un Seminario Regionale, dove educare tutti gli alunni di teologia e liceo filosofico, come pure delle due ultime classi di ginnasio delle Diocesi della Toscana Inferiore».

A differenza tuttavia di altre istituzioni omologhe in Italia, il Pontificio Seminario Regionale “Pio XII”, volle collocarsi in un legame non di rottura, ma di continuità, almeno a livello strutturale, con l’antico Seminario Arcivescovile, dal quale ereditò i locali di San Francesco e tutto il patrimonio immobiliare, artistico e culturale di cui il Seminario Senese già disponeva.

A livello istituzionale, tuttavia, come tutti i Pontifici Seminari Regionali d’Italia, anche Siena passò sotto il diretto controllo romano della Sacra Congregazione dei Seminari, la quale nominava i docenti e i superiori, e proponeva le direttive e i programmi educativi.

Nel 1968 tuttavia la Santa Sede demanda il governo di tutti i Seminari Regionali alle conferenze  episcopali locali, riservandosi il diritto di nomina dei formatori e la possibilità di fornire delle indicazioni sull’andamento del Seminario. Pochi anni dopo infatti, nel 1970, l’Arcidiocesi di Siena, di comune accordo con i vescovi della metropolia, acquistò dalla Santa Sede i locali e le pertinenze della Villa di Montarioso, nella periferia nord della città, beni precedentemente incamerati dalla Sede Apostolica come dotazione del nuovo Seminario Pontificio. Da allora il Seminario iniziò a trasferirsi nella moderna struttura di Montarioso, cedendo in uso gli antichi locali di San Francesco all’Università di Siena.

Attualmente, dopo la riforma dei confini delle diocesi del 1986, il Pontificio Seminario Regionale “Pio XII” è il Seminario per gli alunni teologi delle diocesi di Siena - Colle di Val d’Elsa - Montalcino, Grosseto, Massa Marittima - Piombino, Montepulciano - Chiusi - Pienza, Pitigliano -Sovana - Orbetello.

A partire dall’anno accademico 2003-2004, in concomitanza con le celebrazioni del cinquantesimo anniversario del Pontificio Seminario, presiedute dall’Arcivescovo Mons. Giuseppe Pittau Segretario della Congregazione per l’Educazione Cattolica, l’Istituto Teologico del Pontificio Seminario Regionale “Pio XII” è stato affiliato alla Facoltà Teologica dell’Italia Centrale, concedendogli nuovamente, come al tempo di Pio X, il diritto di conferire il titolo accademico di Baccalaureato in S. Teologia. 

Attualmente, oltre che dagli alunni interni del Seminario, l’Istituto Teologico è frequentato anche dagli studenti dell’Abbazia Territoriale di Monte Oliveto Maggiore e da altre congregazioni religiose presenti sul territorio.