Dopo più di due secoli di sostanziale stabilità istituzionale, la prima importante trasformazione dell’epoca contemporanea avviene agli inizi del ‘900, con l’Arcivescovo Benedetto Tommasi, che decide di separare il Collegio dal Seminario e di conferire a ciascuna istituzione un proprio regolamento. Il 5 maggio del 1902, infatti, la Santa Sede designò Siena come sede di un Seminario Centrale Teologico per le diocesi di Chiusi e Pienza, Montepulciano, Sovana, Colle di Val d’Elsa, Grosseto, Massa Marittima e Montalcino; tale attestato di stima venne mantenuto anche negli anni successivi, sotto il pontificato di Pio X, quando tutti i seminari d’Italia furono oggetto di dettagliate visite apostoliche. Si pensava infatti che molti istituti di formazione del clero non fornissero un’adeguata istruzione, e addirittura, in alcuni di essi, si fossero infiltrate correnti moderniste. Nel 1911 anche Siena è oggetto di una di queste visite e, tuttavia, rispetto alla precaria situazione disciplinare e di formazione culturale e spirituale di altri seminari d’Italia, esce abbastanza indenne dalle critiche del visitatore. Anche l’Arcivescovo Tommasi potè restare al suo posto (mentre altri presuli italiani venivano sostituiti dalla Santa Sede) perché giudicato in linea con il programma di riforma della Chiesa di Papa Pio X. L’unico “punto debole” che riscontrò il visitatore nel Seminario di Siena (ma anche in quelli di Firenze, Arezzo e Pisa) consisteva nell’insegnamento della teologia dogmatica che era ridotto, a suo dire, “a puro insegnamento della teologia positiva, e che trascura la teologia scolastica”.