Il secolo XIX porta con sé importanti vicende e innovazioni. Gli sconvolgimenti della storia d’Europa e del mondo, non potevano non ripercuotersi su quella del Seminario, in particolare riguardo alle difficoltà che esso dovette superare durante la temperie napoleonica e il difficile riassestamento dopo la restaurazione. Sappiamo, tuttavia, che il Seminario-Collegio di Siena fu una delle poche istituzioni ecclesiastiche a passare indenne attraverso le soppressioni napoleoniche. Nel 1808, addirittura, il prefetto del Dipartimento d’Ombrone scriverà che è «d’estremo interesse civico» mantenere tale struttura, utile tanto alla Chiesa quanto alla “società laica”.

Restaurato in Europa l’antico ordine politico, giungiamo alla metà del secolo XIX, con un ulteriore sviluppo per la storia del Seminario. Nel 1824 era stato nominato Arcivescovo di Siena Mons. Giuseppe Mancini, indubbiamente la personalità di più alto rilievo dell’episcopato senese nell’800. Nel 1854, un anno prima della morte dell’Arcivescovo, il Seminario fu trasferito nel convento di San Francesco, proprio in quegli ampi locali che, più di due secoli prima, la caparbietà di alcune religiose ne aveva impedito l’occupazione. La nuova sede si era resa necessaria: essa rispondeva meglio alle esigenze di un’istituzione che aveva ormai raggiunto notevoli dimensioni. Questo fu soltanto il segno più evidente dell’attenzione e della sollecitudine pastorale che il Mancini ebbe nei confronti dei suoi chierici; convinto, infatti, che la buona educazione del clero tornasse a vantaggio di tutta la comunità cristiana, vigilò personalmente affinché le proprie disposizioni, soprattutto in ordine alla disciplina e all’integrità dei costumi, venissero osservate. Quanto l’Arcivescovo Mancini puntasse sulla formazione sacerdotale ce lo dimostra il suo progetto, mai realizzato, di istituire a Siena, nei locali del Collegio di San Vigilio, ormai abbandonati dai Gesuiti, un “Seminario nazionale toscano”, su modello dei collegi nazionali istituiti a Roma dal Papa.